Les relations diplomatiques entre l’Ordre Souverain de Malte et la République des Seychelles ont été officiellement établies en 1992.

Trois ans plus tard, en 1995, un Accord de coopération dans le domaine de la santé a été signé, marquant un tournant dans la collaboration bilatérale.

En 2001, le Grand Chancelier de l’Ordre, le Comte Carlo Marullo di Condojanni, a effectué une visite officielle aux Seychelles pour inaugurer le Centre d’hémodialyse de l’hôpital Victoria, construit avec le soutien de l’Ordre, qui a également fait don de deux ambulances pour renforcer le système de santé publique.

En 2003, un Accord postal a été signé, consolidant davantage les liens institutionnels entre les deux États.

En 2006, le Président James Michel s’est rendu au Palais Magistral à Rome, où il a rencontré le Grand Chancelier Jean-Pierre Mazery. Les discussions ont porté sur le lancement de programmes de formation professionnelle pour les infirmiers seychellois. Le Président a exprimé sa profonde gratitude pour le soutien de l’Ordre, qui avait largement contribué au développement social et médical du pays – notamment avec la construction du pavillon hospitalier à Victoria, l’unité d’hémodialyse, et l’aide apportée à l’École Exceptionnelle pour enfants handicapés et orphelins.

Après le tsunami de 2004, l’Ordre de Malte est également intervenu pour soutenir la reconstruction et venir en aide à la population sinistrée.

Le 25 octobre 2010, le Grand Maître Fra’ Matthew Festing a accueilli le Président Michel à la Villa Magistrale. Durant cette visite, le Grand Maître a salué les Seychelles comme un modèle de système de santé efficace dans un pays en développement, et a conféré au Président la Grand-Croix pro Merito Melitensi – Classe Spéciale.